毛竹EST资源SSR标记分析与筛选

园艺学报 ›› 2011, Vol. 38 ›› Issue (5): 989-996.

毛竹EST资源SSR标记分析与筛选

张智俊1，管雨1，杨丽1，余利1，罗淑萍2,*

（¹亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江农林大学，浙江临安 311300；²新疆农业大学农学院，乌鲁木齐 830052）

收稿日期:2010-09-07 修回日期:2011-04-19 出版日期:2011-05-25 发布日期:2011-05-25
通讯作者: 罗淑萍

Analysis of SSRs Information and Development of SSR Markers from Moso Bamboo（Phyllostachys edulis）ESTs

ZHANG Zhi-jun1，GUAN Yu1，YANG Li1，YU Li1，and LUO Shu-ping 2,*

（1The Nurturing Station for the State Key Laboratory of Subtropical Silviculture，Zhejiang Agriculture and Forestry University，Lin’an，Zhejiang 311300，China ；2College of Agronomy，Xinjiang Agricultural University，Urumuqi 830052，China）

Received:2010-09-07 Revised:2011-04-19 Online:2011-05-25 Published:2011-05-25
Contact: LUO Shu-ping

摘要/Abstract

摘要： 对来源于NCBI公共数据库的非冗余3 087条毛竹（Phyllostachys edulis）EST序进行简单重复序列SSR搜索发现：在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点，平均6.8 kb EST序列中含有1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型，分别占SSR总数的43.14%和49.75%。SSR的不同重复基序中，最常见的重复基序是：(AG)n，占37.01%，其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AGC)n、(GAG)n和(CGC)n。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物，以12个不同种属的竹子DNA为模板，对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物，其中39对引物的产物存在多态性，说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的。

关键词: 毛竹, EST-SSR, 分子标记

Abstract: Uni-ESTs of Moso bamboo（Phyllostachys edulis）from the database of dbEST were screened using Websat software and 408 SSRs in 401 ESTs were mined out，accounting for 13.02% of the total ESTs，corresponding to one SSR in every 6.8 kb of the ESTs. Dinucleotide and trinucleotide repeats EST-SSRs were dominant，accounting for 43.14% and 49.57% respectively. (AG)n is the most frequent motif in dinucleotide repeats，accounting for 37.01% in total EST-SSRs，followed by (TC)n，(AGC)n，(GAG)n and (CGC)n. 182 primer pairs were designed which 42 of them showed amplifications，and 39 primer pairs could have products with polymorphisms from 12 different bamboo samples. The results indicated that it is an available approach to develop EST-SSR markers based on ESTs from Moso bamboo.

Key words: Moso bamboo, Phyllostachys edulis, EST-SSR

中图分类号:

S 68

张智俊;管雨;杨丽;余利;罗淑萍;. 毛竹EST资源SSR标记分析与筛选 [J]. 园艺学报, 2011, 38(5): 989-996.

ZHANG Zhi-jun;GUAN Yu;YANG Li;YU Li;and LUO Shu-ping;. Analysis of SSRs Information and Development of SSR Markers from Moso Bamboo（Phyllostachys edulis）ESTs [J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2011, 38(5): 989-996.

[1]	崔建, 钟雄辉, 刘泽慈, 陈登辉, 李海龙, 韩睿, 乐祥庆, 康俊根, 王超. 结球甘蓝染色体片段替换系构建[J]. 园艺学报, 2023, 50(1): 65-78.
[2]	刘艺平, 倪梦辉, 吴芳芳, 刘红利, 贺丹, 孔德政. 荷花花器官性状与SSR标记的关联分析[J]. 园艺学报, 2023, 50(1): 103-115.
[3]	吕红豪, 杨丽梅, 方智远, 张扬勇, 庄木, 刘玉梅, 王勇, 季家磊, 李占省, 韩风庆. 春甘蓝新品种‘中甘27’和‘中甘28’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S1): 63-64.
[4]	王惠哲, 杨瑞环, 邓强, 曹明明, 李淑菊, . 抗黑星病黄瓜新品种‘津冬369’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S1): 85-86.
[5]	杨兴玉, 许林兵, 吴元立, 邱迪洋, 范琳琳, 黄秉智. 香蕉杂交种‘粉杂1号’ABBB基因组鉴定[J]. 园艺学报, 2022, 49(9): 1991-1997.
[6]	张鲁刚, 卢倩倩, 何琼, 薛一花, 马晓敏, 马帅, 聂姗姗, 杨文静. 紫橙色大白菜新种质的创制[J]. 园艺学报, 2022, 49(7): 1582-1588.
[7]	李莎莎, 玉赛赛, 傅雨恒, 骆强伟, 徐炎, 王跃进. 利用胚挽救与分子标记选育葡萄无核抗寒新种质[J]. 园艺学报, 2022, 49(4): 723-738.
[8]	吕红豪, 杨丽梅, 方智远, 张扬勇, 庄木, 刘玉梅, 王勇, 季家磊, 李占省, 韩风庆. 春甘蓝新品种'中甘26'[J]. 园艺学报, 2022, 49(10): 2285-2286.
[9]	吕红豪, 杨丽梅, 方智远, 张扬勇, 庄木, 刘玉梅, 孙培田, 王勇, 季家磊, 李占省, 韩风庆. 抗枯萎病早熟优质春甘蓝新品种‘YR中甘21’[J]. 园艺学报, 2021, 48(9): 1839-1840.
[10]	丁云花, Budahn Holger, 赵泓, 赵岫云. 白菜与甘蓝型油菜—萝卜F染色体附加系回交BC₁中萝卜F染色体的精准鉴定[J]. 园艺学报, 2021, 48(7): 1295-1303.
[11]	李娜, 尚建立, 李楠楠, 周丹, 孔胜楠, 王吉明, 马双武. 西瓜果实形状的分子精准鉴定[J]. 园艺学报, 2021, 48(7): 1386-1396.
[12]	于海龙, 任文静, 方智远, 杨丽梅, 庄木, 吕红豪, 王勇, 季佳磊, 张扬勇. 蔬菜细胞质雄性不育的育性恢复研究进展[J]. 园艺学报, 2021, 48(5): 1031-1046.
[13]	周锐, 解凯东, 王伟, 彭珺, 谢善鹏, 胡益波, 伍小萌, 郭文武, . 依据多倍体形态特征快速高效发掘柑橘四倍体[J]. 园艺学报, 2020, 47(12): 2451-2458.
[14]	刘颖鑫，李沛曈，迟天华，王海滨，管志勇，房伟民，陈发棣，张飞*. 菊花脑 × 甘菊种间F1杂种的鉴定和遗传多样性分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(8): 1553-1564.
[15]	杜晓华*，杨雅萍，朱小佩，牛杨莉，刘会超. 三色堇转录组SSR分析及分子标记开发[J]. 园艺学报, 2019, 46(4): 797-806.