甜樱桃SSR标记的选择性扩增微卫星( SAM) 法筛选

园艺学报 ›› 2007, Vol. 34 ›› Issue (2): 311-316.

甜樱桃SSR标记的选择性扩增微卫星( SAM) 法筛选

艾呈祥¹; 余贤美²;张力思¹;魏海蓉¹;辛　力¹;苑克俊¹;金松南¹;孙清荣¹;刘庆忠^1*

(¹山东省果树研究所, 山东省果树生物技术育种重点实验室, 山东泰安271000; ²中国热带农业科学院环境与植物保护研究所, 海南儋州571737)

收稿日期:2006-07-08 修回日期:2006-12-26 出版日期:2007-04-25 发布日期:2007-04-25
通讯作者: 刘庆忠

Development of SSR Markers in Sweet Cherry Using Selectively Amplified Microsatellite

AI Cheng-xiang¹, YU Xian-mei², ZHANG Li-si¹, WE IHai-rong¹, XIN Li¹, YUAN Ke-jun¹, JIN Song-nan¹,SUN Qing-rong¹, and LIU Qing-zhong^1*

(¹Shandong Institute of Pom ology, Key Laboratory for Fruit Biotechnology Breeding of Shandong, Taipan, Shandong 271000,China; ²Institute of Environm ent and Plant Protection, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou,Hainan 571737, China)

Received:2006-07-08 Revised:2006-12-26 Online:2007-04-25 Published:2007-04-25
Contact: LIU Qing-zhong

摘要/Abstract

摘要：

以甜樱桃‘红灯’为试材, 应用选择性扩增微卫星( SAM) 法分离、克隆了100个SSR序
列, 其中81个非重复, 可用。加上搜索数据库所获得的1个SSR序列, 一共82个序列用于特异引物的设计。仅从69个序列的77个基因座设计出特异引物。合成38对特异引物, 对其中的36个基因座进行检测。其中19对引物扩增出相应大小的片段, 另外8对引物扩增出非预期片段。最后, 以27个甜樱桃种质的基因组DNA为模板, 从27对可扩增出带的引物中, 筛选出多态性引物24对, 获得了24个甜樱桃基因座特异性SSR标记。

关键词: 甜樱桃, 种质, SSR标记, SAM法

Abstract: A total of 100 sequenceswere isolated and cloned by SAM ( SelectivelyAmp li2
fiedMicrosatellite) and another one was obtained from the NCBI and EMBL databases. 82 SSR sequenceswere used to design the special primers at 77 loci from 69 fragments. Thirty-eight pairs of special primerswere synthesized, matchingwith 5′anchored degenerate SSR p rimer, to detect 36 SSR loci. 27 p rimer pairs amp lified clear and robust DNA fragment, of which nineteen pairs of SSR p rimers amp lified the corresponding SSR sequences and eight amplified the unexpected fragments. 24 polymorphic p rimer pairs were selected from the 27 p rimer pairs by using the genomic DNA of 27 sweet cherry germp lasm, and 24 locus-specific SSR markerswere obtained.

Key words: Prunus avium L., Germplasm, SSR markers, Selectively Amplified Microsatellite

中图分类号:

S 662.5

艾呈祥;余贤美;张力思;魏海蓉;辛　力;苑克俊;金松南;孙清荣;刘庆忠. 甜樱桃SSR标记的选择性扩增微卫星( SAM) 法筛选[J]. 园艺学报, 2007, 34(2): 311-316.

AI Cheng-xiang;YU Xian-mei;ZHANG Li-si;WE IHai-rong;XIN Li;YUAN Ke-jun;JIN Song-nan;SUN Qing-rong;and LIU Qing-zhong. Development of SSR Markers in Sweet Cherry Using Selectively Amplified Microsatellite[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2007, 34(2): 311-316.

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