园艺学报 ›› 2025, Vol. 52 ›› Issue (12): 3202-3218.doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2024-0881
刘畅1, 魏凯1,2, 章力1,2, 路菲菲1, 余庆同1,3, 王梦雅1,4, 王孝宣1, 杜永臣1, 国艳梅1, 李君明1, 刘磊1, 李鑫1, 朱璨1, 黄泽军1,*(
)
收稿日期:2025-08-06
修回日期:2025-10-17
出版日期:2025-12-25
发布日期:2025-12-20
通讯作者:
基金资助:
LIU Chang1, WEI Kai1,2, ZHANG Li1,2, LU Feifei1, YU Qingtong1,3, WANG Mengya1,4, WANG Xiaoxuan1, DU Yongchen1, GUO Yanmei1, LI Junming1, LIU Lei1, LI Xin1, ZHU Can1, HUANG Zejun1,*(
)
Received:2025-08-06
Revised:2025-10-17
Published:2025-12-25
Online:2025-12-20
摘要:
高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)分型技术可以通过形成不同的熔解曲线鉴定样品的基因型,具有操作简单、速度快、通量高、分辨率高等优点。为开发番茄重要性状优异等位基因的HRM分子标记和评估不同因素对HRM分析效果的影响。基于23个优异等位基因或其附近的序列特征,成功开发了23个HRM分子标记,分别用于检测23个重要性状基因位点。包括抗病基因Bwr-12、Frl、I-7、Pto、Rx4、Sm和Ty-1,耐非生物胁迫基因SlACR11A、SlBBX31、SlHAK20和SlSOS2,果实性状相关基因Aft、LC、GF、OVATE、PT、R、SlALMT9、STP1和Y,株型相关基因SD1、SP和SP5G。另外,通过评估不同反应体积、模板DNA浓度和DNA提取方法对HRM分析效果的影响,发现5、7.5、10、12.5和15 µL的反应体积与试剂盒推荐的20 µL反应体积具有相同的分析效果;在5 µL反应体积下,DNA浓度在12.5 ~ 1 600 ng · µL-1的较宽范围内均具有良好的分析效果;NaOH法粗提的DNA也适用于HRM分析检测。本研究结果可应用于番茄优异等位基因鉴定及分子标记辅助育种中。
刘畅, 魏凯, 章力, 路菲菲, 余庆同, 王梦雅, 王孝宣, 杜永臣, 国艳梅, 李君明, 刘磊, 李鑫, 朱璨, 黄泽军. 番茄重要性状HRM分子标记开发及不同反应体系的分析效果评价[J]. 园艺学报, 2025, 52(12): 3202-3218.
LIU Chang, WEI Kai, ZHANG Li, LU Feifei, YU Qingtong, WANG Mengya, WANG Xiaoxuan, DU Yongchen, GUO Yanmei, LI Junming, LIU Lei, LI Xin, ZHU Can, HUANG Zejun. Development of HRM Molecular Markers for Important Traits in Tomato and Assessment of Analytical Effects Across Various Reaction Systems[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2025, 52(12): 3202-3218.
| 品系 Line | 基因型 Genotype | 基因型数据来源 Source of genotypic information |
|---|---|---|
| 15N60 | SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SlHAK20Hap1/SlHAK20Hap1、Sm/Sm、SP5GTS30M/SP5GTS30M、Ty-1/Ty-1 | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| 231-13-2 | Sm/Sm | 公司标记检测 Company marker detection result |
| 231-30-1 | - | 公司标记检测 Company marker detection result |
| 231-35-2 | Frl/Frl | 公司标记检测 Company marker detection result |
| 23N1338-1 | Aft/Aft、ovate/ovate | 本课题组标记检测 Our marker detection results |
| 23N1503 | rPI114490/r PI114490 | 本课题组标记检测 Our marker detection results |
| 24N97-1 | gf 4/gf 4 | 本课题组标记检测 Our marker detection results |
| Ailsa Craig | SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SP5GTS30M/SP5GTS30M | Lin et al., |
| Heinz 1706 | I-7/I-7、ovate/ovate、PTR/PTR、SD1TK/SD1TK、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、sp/sp、SP5GTS30M/SP5GTS30M | Sol Genomics Network |
| Indigo Rose | Aft/Aft、PTR/PTR、SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、sp/sp、SP5GTS30M/SP5GTS30M | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| LA1589 | Frl/Frl、Pto/Pto、Rx4/Rx4、SlHAK20Hap1/SlHAK20Hap1、SlSOS2Hap2/SlSOS2Hap2、Sm/Sm、STP1Insertion/STP1Insertion | Sol Genomics Network |
| M82 | PTR/PTR、SD1TK/SD1TK、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、Sm/Sm、sp/sp、SP5GTS30M/SP5GTS30M | Lin et al., |
| Moneymaker | I-7/I-7、SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SP5GTS30M/SP5GTS30M | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| Rio Grande | PTR/PTR、SD1TK/SD1TK、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、sp/sp、SP5GTS30M/SP5GTS30M | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| SL116 | I-7/I-7 | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| SL126 | y1794A/y1794A | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| TH43 | Bwr-12/Bwr-12、lc/lc、SD1TK/SD1TK、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SlSOS2Hap2/SlSOS2Hap2、SP5GTS30M/SP5GTS30M、Ty-1/Ty-1 | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| VFNT Cherry | Bwr-12/Bwr-12、I-7/I-7、SD1TK/SD1TK、SlACR11AG/SlACR11AG、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SP5GTS30M/SP5GTS30M、STP1Insertion/STP1Insertion | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| ZS768 | Bwr-12/Bwr-12、SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SlSOS2Hap2/SlSOS2Hap2、SP5GTS30M/SP5GTS30M | 本课题组重测序 Our resequencing results |
表1 番茄材料及其基因型
Table 1 Genotype of the tomato materials
| 品系 Line | 基因型 Genotype | 基因型数据来源 Source of genotypic information |
|---|---|---|
| 15N60 | SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SlHAK20Hap1/SlHAK20Hap1、Sm/Sm、SP5GTS30M/SP5GTS30M、Ty-1/Ty-1 | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| 231-13-2 | Sm/Sm | 公司标记检测 Company marker detection result |
| 231-30-1 | - | 公司标记检测 Company marker detection result |
| 231-35-2 | Frl/Frl | 公司标记检测 Company marker detection result |
| 23N1338-1 | Aft/Aft、ovate/ovate | 本课题组标记检测 Our marker detection results |
| 23N1503 | rPI114490/r PI114490 | 本课题组标记检测 Our marker detection results |
| 24N97-1 | gf 4/gf 4 | 本课题组标记检测 Our marker detection results |
| Ailsa Craig | SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SP5GTS30M/SP5GTS30M | Lin et al., |
| Heinz 1706 | I-7/I-7、ovate/ovate、PTR/PTR、SD1TK/SD1TK、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、sp/sp、SP5GTS30M/SP5GTS30M | Sol Genomics Network |
| Indigo Rose | Aft/Aft、PTR/PTR、SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、sp/sp、SP5GTS30M/SP5GTS30M | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| LA1589 | Frl/Frl、Pto/Pto、Rx4/Rx4、SlHAK20Hap1/SlHAK20Hap1、SlSOS2Hap2/SlSOS2Hap2、Sm/Sm、STP1Insertion/STP1Insertion | Sol Genomics Network |
| M82 | PTR/PTR、SD1TK/SD1TK、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、Sm/Sm、sp/sp、SP5GTS30M/SP5GTS30M | Lin et al., |
| Moneymaker | I-7/I-7、SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SP5GTS30M/SP5GTS30M | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| Rio Grande | PTR/PTR、SD1TK/SD1TK、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、sp/sp、SP5GTS30M/SP5GTS30M | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| SL116 | I-7/I-7 | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| SL126 | y1794A/y1794A | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| TH43 | Bwr-12/Bwr-12、lc/lc、SD1TK/SD1TK、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SlSOS2Hap2/SlSOS2Hap2、SP5GTS30M/SP5GTS30M、Ty-1/Ty-1 | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| VFNT Cherry | Bwr-12/Bwr-12、I-7/I-7、SD1TK/SD1TK、SlACR11AG/SlACR11AG、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SP5GTS30M/SP5GTS30M、STP1Insertion/STP1Insertion | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| ZS768 | Bwr-12/Bwr-12、SD1TK/SD1TK、SlALMT9HMH/SlALMT9HMH、SlBBX31Hap1/SlBBX31Hap1、SlSOS2Hap2/SlSOS2Hap2、SP5GTS30M/SP5GTS30M | 本课题组重测序 Our resequencing results |
| 基因或位点 Gene or locus | 优异等位基因 或位点 Excellent allelic gene or locus | 基因编号 Gene ID | 变异类型 Variation type | 变异位置 Variation position | 参考文献 Reference |
|---|---|---|---|---|---|
| Aft(SlAN2-like) | Aft | Solyc10g086290 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Sun et al., |
| Bwr-12 | Bwr-12 | 无 Without gene ID | SNP | 紧密连锁 Tightly linked marker | Kim et al., |
| Frl | Frl | Solyc09g011610 | SNP | 基因内部 Intragenic region | 李传友 等., |
| GF(SGR) | gf4 | Solyc08g080090 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Barry & Pandey, |
| I-7 | I-7 | Solyc08g077740 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Gonzalez-Cendales et al., |
| LC | lc | Solyc02g083950 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Muños et al., |
| OVATE | ovate | Solyc02g085500 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Liu et al., |
| PT | PTR | Solyc05g054030 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Song et al., |
| Pto | Pto | Solyc05g013300 | SNP | 基因内部 Intragenic region | 苏晓梅 等, |
| R(PSY1) | rPI114490 | Solyc03g031860 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Yuan et al., |
| Rx4 | Rx4 | Solyc11g069020 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Pei et al., |
| SD1 | SD1TK | Solyc09g082510 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Ye et al., |
| SlACR11A | SlACR11AG | Solyc03g117890 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Song et al., |
| SlALMT9 | SlALMT9HMH | Solyc06g072910 Solyc06g072920 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Ye et al., |
| SlBBX31 | SlBBX31Hap1 | Solyc07g053140 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Zhu et al., |
| SlHAK20 | SlHAK20Hap1 | Solyc04g008450 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Wang et al., |
| SlSOS2 | SlSOS2Hap2 | Solyc12g009570 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Hong et al., |
| Sm | Sm | 无 Without gene ID | InDel | 紧密连锁 Tightly linked marker | Su et al., |
| SP | sp | Solyc06g074350 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Pnueli et al., |
| SP5G | SP5GTS30M | Solyc05g053850 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Zhang et al., |
| STP1 | STP1Insertion | Solyc02g079220 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Wang et al., |
| Ty-1 | Ty-1 | Solyc06g051170 Solyc06g051180 Solyc06g051190 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Verlaan et al., |
| Y(SlMYB12) | y1794A | Solyc01g079620 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Jung et al., |
表2 番茄部分重要性状优异等位基因及其变异类型
Table 2 Some genes related to important traits and their sequence variation in tomato
| 基因或位点 Gene or locus | 优异等位基因 或位点 Excellent allelic gene or locus | 基因编号 Gene ID | 变异类型 Variation type | 变异位置 Variation position | 参考文献 Reference |
|---|---|---|---|---|---|
| Aft(SlAN2-like) | Aft | Solyc10g086290 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Sun et al., |
| Bwr-12 | Bwr-12 | 无 Without gene ID | SNP | 紧密连锁 Tightly linked marker | Kim et al., |
| Frl | Frl | Solyc09g011610 | SNP | 基因内部 Intragenic region | 李传友 等., |
| GF(SGR) | gf4 | Solyc08g080090 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Barry & Pandey, |
| I-7 | I-7 | Solyc08g077740 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Gonzalez-Cendales et al., |
| LC | lc | Solyc02g083950 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Muños et al., |
| OVATE | ovate | Solyc02g085500 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Liu et al., |
| PT | PTR | Solyc05g054030 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Song et al., |
| Pto | Pto | Solyc05g013300 | SNP | 基因内部 Intragenic region | 苏晓梅 等, |
| R(PSY1) | rPI114490 | Solyc03g031860 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Yuan et al., |
| Rx4 | Rx4 | Solyc11g069020 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Pei et al., |
| SD1 | SD1TK | Solyc09g082510 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Ye et al., |
| SlACR11A | SlACR11AG | Solyc03g117890 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Song et al., |
| SlALMT9 | SlALMT9HMH | Solyc06g072910 Solyc06g072920 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Ye et al., |
| SlBBX31 | SlBBX31Hap1 | Solyc07g053140 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Zhu et al., |
| SlHAK20 | SlHAK20Hap1 | Solyc04g008450 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Wang et al., |
| SlSOS2 | SlSOS2Hap2 | Solyc12g009570 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Hong et al., |
| Sm | Sm | 无 Without gene ID | InDel | 紧密连锁 Tightly linked marker | Su et al., |
| SP | sp | Solyc06g074350 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Pnueli et al., |
| SP5G | SP5GTS30M | Solyc05g053850 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Zhang et al., |
| STP1 | STP1Insertion | Solyc02g079220 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Wang et al., |
| Ty-1 | Ty-1 | Solyc06g051170 Solyc06g051180 Solyc06g051190 | InDel | 基因内部 Intragenic region | Verlaan et al., |
| Y(SlMYB12) | y1794A | Solyc01g079620 | SNP | 基因内部 Intragenic region | Jung et al., |
| 标记名称 Marker ID | 等位基因 Allele | SNP或InDel SNP or InDel | PCR产物大小/bp PCR product size | 引物序列(5′-3′) Primer sequence |
|---|---|---|---|---|
| Aft-HRM | Aft | G | 160 | F:CTTCACAAGCTTCTAGGCA |
| aft | A | 160 | R:ATGGCATCAAAGATAACTTACTA | |
| Bwr-12-HRM | Bwr-12 | G | 130 | F:CTTCCTTCAAGGTCCACTAC |
| bwr-12 | A | 130 | R:CAACACCGTTAGATTAGCC | |
| Frl-HRM | Frl | G | 139 | F:CAGATGTTAAGTTGCTTGGTCTA |
| frl | A | 139 | R:GGATTGGATTCGAGAAGTAGAGA | |
| GF-HRM | gf4 | T | 97 | F:AAAGTTGCCAAGAACATATACA |
| GF | C | 97 | R:TTTGATTACCTGAGAATTATTGATG | |
| I-7-HRM | I-7 | C | 152 | F:ATTGGGAGATAATCCGTCG |
| i-7 | T | 152 | R:GGTTCAAACGCCAAAGAG | |
| LC-HRM | lc | C、G | 161 | F:TTTGAGATGGAGATTTAGAC |
| LC | T、A | 161 | R:GGAATGCTATGAAATGTAT | |
| OVATE-HRM | ovate | T | 149 | F:GTGGATGGGAAAGTGAAGG |
| OVATE | G | 149 | R:GACAGAAAACATTGTAAAAGC | |
| PT-HRM | PTR | G | 90 | F:GGTGATCTTGTTGGAATCA |
| PTH | A | 90 | R:AGCATAACCTTTGTTGCA | |
| Pto-HRM | Pto | A | 82 | F:AATCTGGAGAAGCGTCAC |
| pto | G | 82 | R:GAGAAAAGCCATCATGAGCT | |
| R-HRM | rPI114490 | G | 121 | F:GCTCATTAGTTAGTCGTTAGAGA |
| R | A | 121 | R:CGTCATAAATTTGTTCAGGTG | |
| Rx4-HRM | Rx4 | 6-bp deletion | 182 | F:GCTTAACCCTCCACATCAA |
| rx4 | 188 | R:GTATCCCAGCTACCATAACAA | ||
| SD1-HRM | SD1TK | 192 | F:ATATCTGCCGCGACTAGA | |
| SD1TN | 11-bp insertion | 203 | R:ATGGAAATTGTTGCGAGT | |
| SlACR11A-HRM | SlACR11AG | G | 128 | F:CTTGAACTGATATGGCTGT |
| SlACR11AA | A | 128 | R:ATCCAAACCAAAAGAACC | |
| SlALMT9-HRM | SlALMT9HMH | 3-bp deletion | 215 | F:ACCGTGTAACCTTGTGAT |
| SlALMT9LMH | 218 | R:GATCGTTGATTTCGATAA | ||
| SlBBX31-HRM | SlBBX31Hap1 | 166 | F:AAAAGTCGCCATAACGAA | |
| SlBBX31Hap2 | 27-bp insertion | 193 | R:TGAAATGCACCTGAAGAGG | |
| SlHAK20-HRM | SlHAK20Hap1 | 6-bp insertion | 197 | F:CGGACGGCCTGACTTGAC |
| SlHAK20Hap2 | 191 | R:AAACAGAGCACAAAGTTCCATT | ||
| SlSOS2-HRM | SlSOS2Hap2 | 53-bp deletion | 147 | F:AGTTCGTGATGGGATGTT |
| SlSOS2Hap1 | 200 | R:AAATGATGACCGATGTAAG | ||
| Sm-HRM | Sm | 18-bp deletion | 121 | F:CTACACTTTCTCGTTCCCAATG |
| sm | 139 | R:TCGCCAAACCAATCAAATC | ||
| SP-HRM | sp | T | 121 | F:TCTTCTATTATTGACCTCTCA |
| SP | C | 121 | R:ATGTTGTCTATACCAGTGTA | |
| SP5G-HRM | SP5GTS30M | 157 | F:CAATAGGGAAGGTGGTAC | |
| SP5GTS30C | 52-bp insertion | 209 | R:CTTTCTGAGTTAATAAGCAAT | |
| STP1-HRM | STP1Insertion | 21-bp insertion | 157 | F:TCACAAGCCTTACATCTT |
| STP1Deletion | 136 | R:AGTGTTCTATCCACCACA | ||
| Ty-1-HRM | Ty-1 | 12-bp insertion | 106 | F:AATGGGTGATCCGTTGAT |
| ty-1 | 94 | R:CTGCTCCTTGCAGATTCTAT | ||
| Y-HRM | y1794A | A | 99 | F:ACCATCGATCTAGTTTCTA |
| Y | G | 99 | R:CATTGTCTGTTCTACCTGA |
表3 番茄部分重要性状优异等位基因的HRM分子标记信息
Table 3 The general information of the HRM markersfor some genes related to important traits in tomato
| 标记名称 Marker ID | 等位基因 Allele | SNP或InDel SNP or InDel | PCR产物大小/bp PCR product size | 引物序列(5′-3′) Primer sequence |
|---|---|---|---|---|
| Aft-HRM | Aft | G | 160 | F:CTTCACAAGCTTCTAGGCA |
| aft | A | 160 | R:ATGGCATCAAAGATAACTTACTA | |
| Bwr-12-HRM | Bwr-12 | G | 130 | F:CTTCCTTCAAGGTCCACTAC |
| bwr-12 | A | 130 | R:CAACACCGTTAGATTAGCC | |
| Frl-HRM | Frl | G | 139 | F:CAGATGTTAAGTTGCTTGGTCTA |
| frl | A | 139 | R:GGATTGGATTCGAGAAGTAGAGA | |
| GF-HRM | gf4 | T | 97 | F:AAAGTTGCCAAGAACATATACA |
| GF | C | 97 | R:TTTGATTACCTGAGAATTATTGATG | |
| I-7-HRM | I-7 | C | 152 | F:ATTGGGAGATAATCCGTCG |
| i-7 | T | 152 | R:GGTTCAAACGCCAAAGAG | |
| LC-HRM | lc | C、G | 161 | F:TTTGAGATGGAGATTTAGAC |
| LC | T、A | 161 | R:GGAATGCTATGAAATGTAT | |
| OVATE-HRM | ovate | T | 149 | F:GTGGATGGGAAAGTGAAGG |
| OVATE | G | 149 | R:GACAGAAAACATTGTAAAAGC | |
| PT-HRM | PTR | G | 90 | F:GGTGATCTTGTTGGAATCA |
| PTH | A | 90 | R:AGCATAACCTTTGTTGCA | |
| Pto-HRM | Pto | A | 82 | F:AATCTGGAGAAGCGTCAC |
| pto | G | 82 | R:GAGAAAAGCCATCATGAGCT | |
| R-HRM | rPI114490 | G | 121 | F:GCTCATTAGTTAGTCGTTAGAGA |
| R | A | 121 | R:CGTCATAAATTTGTTCAGGTG | |
| Rx4-HRM | Rx4 | 6-bp deletion | 182 | F:GCTTAACCCTCCACATCAA |
| rx4 | 188 | R:GTATCCCAGCTACCATAACAA | ||
| SD1-HRM | SD1TK | 192 | F:ATATCTGCCGCGACTAGA | |
| SD1TN | 11-bp insertion | 203 | R:ATGGAAATTGTTGCGAGT | |
| SlACR11A-HRM | SlACR11AG | G | 128 | F:CTTGAACTGATATGGCTGT |
| SlACR11AA | A | 128 | R:ATCCAAACCAAAAGAACC | |
| SlALMT9-HRM | SlALMT9HMH | 3-bp deletion | 215 | F:ACCGTGTAACCTTGTGAT |
| SlALMT9LMH | 218 | R:GATCGTTGATTTCGATAA | ||
| SlBBX31-HRM | SlBBX31Hap1 | 166 | F:AAAAGTCGCCATAACGAA | |
| SlBBX31Hap2 | 27-bp insertion | 193 | R:TGAAATGCACCTGAAGAGG | |
| SlHAK20-HRM | SlHAK20Hap1 | 6-bp insertion | 197 | F:CGGACGGCCTGACTTGAC |
| SlHAK20Hap2 | 191 | R:AAACAGAGCACAAAGTTCCATT | ||
| SlSOS2-HRM | SlSOS2Hap2 | 53-bp deletion | 147 | F:AGTTCGTGATGGGATGTT |
| SlSOS2Hap1 | 200 | R:AAATGATGACCGATGTAAG | ||
| Sm-HRM | Sm | 18-bp deletion | 121 | F:CTACACTTTCTCGTTCCCAATG |
| sm | 139 | R:TCGCCAAACCAATCAAATC | ||
| SP-HRM | sp | T | 121 | F:TCTTCTATTATTGACCTCTCA |
| SP | C | 121 | R:ATGTTGTCTATACCAGTGTA | |
| SP5G-HRM | SP5GTS30M | 157 | F:CAATAGGGAAGGTGGTAC | |
| SP5GTS30C | 52-bp insertion | 209 | R:CTTTCTGAGTTAATAAGCAAT | |
| STP1-HRM | STP1Insertion | 21-bp insertion | 157 | F:TCACAAGCCTTACATCTT |
| STP1Deletion | 136 | R:AGTGTTCTATCCACCACA | ||
| Ty-1-HRM | Ty-1 | 12-bp insertion | 106 | F:AATGGGTGATCCGTTGAT |
| ty-1 | 94 | R:CTGCTCCTTGCAGATTCTAT | ||
| Y-HRM | y1794A | A | 99 | F:ACCATCGATCTAGTTTCTA |
| Y | G | 99 | R:CATTGTCTGTTCTACCTGA |
| 分子标记Marker | 15N60 | Rio Grande | VFNT Cherry | TH43 | ZS768 | MoneyMaker | Indigo Rose | Ailsa Craig | M82 | Heinz 1706 | LA1589 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Aft-HRM | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - |
| Bwr-12-HRM | - | - | + | + | + | - | - | - | - | - | N |
| Frl-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + |
| GF-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| I-7-HRM | - | - | + | - | - | + | - | - | - | + | - |
| LC-HRM | - | - | - | + | - | - | N | - | - | - | - |
| OVATE-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - |
| PT-HRM | - | + | - | - | - | - | + | - | + | + | - |
| Pto-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + |
| R-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Rx4-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + |
| SD1-HRM | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | - |
| SlACR11A-HRM | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - |
| SlALMT9-HRM | + | - | + | - | + | + | + | + | - | - | N |
| SlBBX31-HRM | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | - |
| SlHAK20-HRM | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + |
| SlSOS2-HRM | - | - | - | + | + | - | - | - | - | - | + |
| Sm-HRM | + | - | - | - | - | - | - | - | + | - | + |
| SP-HRM | - | + | - | - | - | - | + | - | + | + | - |
| SP5G-HRM | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | - |
| STP1-HRM | - | - | + | / | - | - | / | - | - | - | + |
| Ty-1-HRM | + | - | - | / | - | - | - | - | - | - | - |
| Y-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
表4 11份番茄材料的23个HRM分子标记分型结果
Table 4 Genotyping results of 23 HRM molecular markers from 11 tomato materials
| 分子标记Marker | 15N60 | Rio Grande | VFNT Cherry | TH43 | ZS768 | MoneyMaker | Indigo Rose | Ailsa Craig | M82 | Heinz 1706 | LA1589 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Aft-HRM | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - |
| Bwr-12-HRM | - | - | + | + | + | - | - | - | - | - | N |
| Frl-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + |
| GF-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| I-7-HRM | - | - | + | - | - | + | - | - | - | + | - |
| LC-HRM | - | - | - | + | - | - | N | - | - | - | - |
| OVATE-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - |
| PT-HRM | - | + | - | - | - | - | + | - | + | + | - |
| Pto-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + |
| R-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| Rx4-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + |
| SD1-HRM | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | - |
| SlACR11A-HRM | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - |
| SlALMT9-HRM | + | - | + | - | + | + | + | + | - | - | N |
| SlBBX31-HRM | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | - |
| SlHAK20-HRM | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + |
| SlSOS2-HRM | - | - | - | + | + | - | - | - | - | - | + |
| Sm-HRM | + | - | - | - | - | - | - | - | + | - | + |
| SP-HRM | - | + | - | - | - | - | + | - | + | + | - |
| SP5G-HRM | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | - |
| STP1-HRM | - | - | + | / | - | - | / | - | - | - | + |
| Ty-1-HRM | + | - | - | / | - | - | - | - | - | - | - |
| Y-HRM | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| [1] |
|
|
白牡丹, 王彩虹, 殷豪, 田义轲, 李节法. 2012. 苹果不同HRM反应体系分析效果评价. 分子植物育种, 10(1):115-120.
|
|
| [2] |
|
| [3] |
|
|
杜敏敏, 周明, 邓磊, 李传友, 李常保. 2017. 番茄分子育种现状与展望——从基因克隆到品种改良. 园艺学报, 44(3):581-600.
|
|
| [4] |
|
|
范书华, 董清山, 赵团结, 解国庆, 王艳, 赵云彤, 时新瑞. 2019. 马铃薯高支链淀粉突变体‘P24023’的HRM分子标记开发与应用. 中国马铃薯, 33(6):338-343.
|
|
| [5] |
|
|
冯建成. 2006. 分子标记辅助选择技术在水稻育种上的应用. 中国农学通报, 22(3):43-47.
|
|
| [6] |
|
| [7] |
|
| [8] |
|
| [9] |
|
| [10] |
|
| [11] |
|
| [12] |
|
|
李传友, 王禄阳, 邓磊. 2021. 鉴别或辅助鉴别番茄颈腐根腐病抗性的分子标记及其应用:CN202111430177.1. 2021-11-29.
|
|
| [13] |
|
|
李亚东, 罗小波, 彭潇, 杨光乾, 金月月, 祖贵东, 田欢, 张万萍. 2024. 萝卜SNP和InDel分子标记开发及与表型性状关联分析. 浙江农业学报, 36(5):1055-1066.
|
|
| [14] |
|
|
李玉秋, 王超越, 夏正俊, 刘月, 桑永生, 袁翠平, 赵洪锟, 王玉民, 刘晓冬, 齐广勋, 王英男, 董英山. 2018. 高分辨率熔解曲线技术在大豆基因分型中的应用. 分子植物育种, 16(18):6046-6054.
|
|
| [15] |
|
| [16] |
|
| [17] |
|
| [18] |
|
| [19] |
|
| [20] |
|
|
任海龙, 许东林, 张晶, 邹集文, 李光光, 周贤玉, 肖婉钰, 孙艺嘉. 2023. 菜薹KASP-SNP指纹图谱构建及品种鉴定. 园艺学报, 50(2):307-318.
|
|
| [21] |
|
|
任文静, 于海龙, 陈立, 张斌, 陈文迪, 方智远, 杨丽梅, 庄木, 吕红豪, 王勇, 季家磊, 张扬勇. 2021. 甘蓝Ogura CMS育性恢复基因Rfo的传递效率解析及育种应用. 园艺学报, 48(11):2197-2210.
|
|
| [22] |
|
|
申恒, 刘思慧, 李跃, 李敬涛, 梁文星. 2022. 一种用于PCR的番茄DNA快速粗提方法. 生物技术通报, 38(6):74-80.
|
|
| [23] |
|
| [24] |
|
| [25] |
|
| [26] |
|
|
苏晓梅, 高建昌, 王孝宣, 国艳梅, 杜永臣, 胡鸿. 2014. 番茄抗病基因Tm-2、Pto、Sw-5和Ve1的SNP标记检测. 园艺学报, 41(10):2012-2020.
|
|
| [27] |
|
| [28] |
|
| [29] |
|
| [30] |
|
|
王亚琦, 孙子淇, 郑峥, 黄冰艳, 董文召, 汤丰收, 张新友. 2018. 作物分子标记辅助选择育种的现状与展望. 江苏农业科学, 46(5):6-12.
|
|
| [31] |
|
| [32] |
|
| [33] |
|
|
徐云碧, 王冰冰, 张健, 张嘉楠, 李建生. 2022. 应用分子标记技术改进作物品种保护和监管. 作物学报, 48(8):1853-1870.
|
|
| [34] |
|
| [35] |
|
| [36] |
|
| [37] |
|
|
袁娜, 徐勤圆, 徐照龙, 周玲, 刘晓庆, 陈新, 杜建厂. 2024. 基于靶向测序技术的菜豆SNP 液相芯片开发及验证. 园艺学报, 51(5):1017-1032.
|
|
| [38] |
|
| [39] |
|
| [40] |
|
|
张志刚, 司立英, 赵智中, 王荣花, 王立华, 李巧云, 刘栓桃. 2018. 基于HRM技术的大白菜InDel标记高效检测技术构建及其应用. 山东农业科学, 50(10):128-133.
|
|
| [41] |
|
| [1] | 宰文珊, 陈先知, 付存念, 苏世闻, 史建磊, 熊自立, 黄少勇. 口感番茄新品种‘瓯秀901’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 121-122. |
| [2] | 王荣青, 姚祝平, 程远, 叶青静, 阮美颖, 万红建, 李志邈, 刘晨旭, 周国治. 高品质耐贮运番茄新品种‘浙粉718’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 123-124. |
| [3] | 郑梦凡, 谢勇, 郑伟, 李光乾, 陈刚, 王煜双, 李聪, 张余洋. 优质番茄新品种‘民丰698’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 125-126. |
| [4] | 朱鹏宇, 谢勇, 郑伟, 李光乾, 陈刚, 王煜双, 李聪, 张余洋. 优质番茄新品种‘希唯美191’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 127-128. |
| [5] | 崔爱花, 朱模勇, 张扬栋, 伍琦, 刘帅, 胡启星, 黄纪刚, 刘家鑫, 刘为胜, 孙巨龙. 大果型番茄新品种‘奥丽亚’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 129-130. |
| [6] | 郑于莉, 刘燕, 潘子旺, 韩兰兰, 李凯, 刘丹, 曹阳, 芦鑫哲, 康永生. 多抗硬粉番茄新品种‘BY002’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 131-132. |
| [7] | 苏世闻, 付存念, 陈先知, 崔丽利, 史建磊, 黄少勇, 熊自立, 宰文珊. 樱桃番茄新品种‘瓯秀红樱5号’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 133-134. |
| [8] | 付存念, 苏世闻, 陈先知, 崔丽利, 史建磊, 黄少勇, 熊自立, 宰文珊. 樱桃番茄新品种‘瓯秀橙樱1号’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 135-136. |
| [9] | 熊自立, 苏世闻, 史建磊, 张海利, 宰文珊, 崔丽利. 番茄砧木新品种‘瓯砧1号’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 137-138. |
| [10] | 王惠哲, 杨瑞环, 邓强, 曹明明. 抗黑星病黄瓜新品种‘津优325号’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S2): 161-162. |
| [11] | 范惠冬, 郑士金, 田 松, 郑建超. 番茄新品种‘吉粉7号’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S1): 109-110. |
| [12] | 张立微, 戴忠仁, 陈青奇, 雷 娜, 胡海江, 门万杰. 番茄新品种‘哈研中粉果1号’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S1): 111-112. |
| [13] | 熊自立, 史建磊, 陈勇兵, 张海利, 苏世闻, 宰文珊, 叶曙光. 设施番茄新品种‘瓯秀202’[J]. 园艺学报, 2025, 52(S1): 113-114. |
| [14] | 王雅慧, 张雨晴, 张榕蓉, 刘佩卓, 梁毅, 周建华, 熊爱生. 胡萝卜番茄红素ε-环化酶基因DcLCYE启动子活性分析及互作因子筛选[J]. 园艺学报, 2025, 52(9): 2317-2328. |
| [15] | 陈舒婷, 吴幕绵, 李涛, 黎振兴, 麦培婷, 孙保娟, 郝彦伟, 宫超. 有效微生物群落对番茄产量及根际土壤细菌群落的影响[J]. 园艺学报, 2025, 52(9): 2477-2490. |
| 阅读次数 | ||||||
|
全文 |
|
|||||
|
摘要 |
|
|||||
版权所有 © 2012 《园艺学报》编辑部 京ICP备10030308号-2 国际联网备案号 11010802023439
编辑部地址: 北京市海淀区中关村南大街12号中国农业科学院蔬菜花卉研究所 邮编: 100081
电话: 010-82109523 E-Mail: yuanyixuebao@126.com
技术支持:北京玛格泰克科技发展有限公司