辣椒全基因组中LBD转录因子的鉴定与表达分析

doi:10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0971

园艺学报 ›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (4): 683-694.doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0971

辣椒全基因组中LBD转录因子的鉴定与表达分析

郑忠凡1，张亚利3，胡灿2，戴雄泽2，刘峰2,*，袁祖华1,2,*

（1中南大学研究生院隆平分院，长沙 410125；2湖南省农业科学院蔬菜研究所，长沙 410125；3湖南中医药大学药学院，长沙 410125）

出版日期:2016-04-25 发布日期:2016-04-25

Genome-wide Identification and Expressing Analysis of LBD Transcription Factors in Pepper

ZHENG Zhong-fan1，ZHANG Ya-li3，HU Can2，DAI Xiong-ze2，LIU Feng2,*，and YUAN Zu-hua1,2,*

（1College of Longping，Graduate School of Central South University，Changsha 410125，China；2Institute of Vegetable，Hunan Academy of Agricultural Sciences，Changsha 410125，China；3College of Pharmaceutical，Hunan College of Chinese Medicine，Changsha 410125，China）

Online:2016-04-25 Published:2016-04-25

摘要/Abstract

摘要： 利用生物信息学的方法，从辣椒基因组中鉴定出45个LBD基因，这些基因分布于辣椒9条染色体上。该家族成员内含子数整体上不超过3个，结构相对简单。进化关系显示辣椒LBD基因可分为ClassⅠ和ClassⅡ两大类，细分为Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd、Ⅰe、Ⅱa和Ⅱb等7个亚类。不同组织和发育时期的表达模式研究发现，该基因家族具有一定的时空表达特异性。qRT-PCR结果表明，热激胁迫可以明显激活或抑制部分LBD基因的表达，其中ClassⅡ类基因较ClassⅠ类对高温具有更高的敏感性。

关键词: 辣椒, LBD基因家族, 进化分析, 基因表达

Abstract: In this study，45 LBD genes were identified and widely distributed on 9 chromosomes of pepper genome. The structures of these genes were relatively simple for whose intron numbers were less than 3. According to the phylogeny relationship，pepper LBD genes could be classified into 2 classes（ClassⅠand ClassⅡ）including 7 subfamilies（Ⅰa，Ⅰb，Ⅰc，Ⅰd，Ⅰe，Ⅰa andⅠb）. The expression patterns of pepper LBD genes in different tissues and development stages showed spatial and temporal expression differences. The qRT-PCR revealed that part of LBD genes could be activated or repressed by heat shock，and the ClassⅡ genes were more sensitive to heat stress than ClassⅠ.

Key words: pepper, LBD gene family, phylogeny analysis, gene expression

中图分类号:

S 641.3

郑忠凡1，张亚利3，胡灿2，戴雄泽2，刘峰2,*，袁祖华1,2,*. 辣椒全基因组中LBD转录因子的鉴定与表达分析[J]. 园艺学报, 2016, 43(4): 683-694.

ZHENG Zhong-fan1，ZHANG Ya-li3，HU Can2，DAI Xiong-ze2，LIU Feng2,*，and YUAN Zu-hua1,2,*. Genome-wide Identification and Expressing Analysis of LBD Transcription Factors in Pepper[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2016, 43(4): 683-694.

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