侵染白菜的黄瓜花叶病毒分离物基因组的全序列分析

园艺学报 ›› 2008, Vol. 35 ›› Issue (2): 213-220.

侵染白菜的黄瓜花叶病毒分离物基因组的全序列分析

曾蓉^1,2; 陈燕飞¹;严师节¹; 黎定军²;陈集双^1*

(¹浙江理工大学生物工程研究所，杭州 310018; ²湖南农业大学生物安全科技学院，长沙 410128)

收稿日期:2007-07-17 修回日期:2007-12-11 出版日期:2008-02-25 发布日期:2008-02-25
通讯作者: 陈集双

CompleteSequence Analysis of Cucumber mosaic virus CTL Isolate

ZENG Rong^1,2, CHEN Yan-fei¹, YAN Shi-jie¹, LI Ding-jun²,and CHEN Ji-shuang^1*

(¹Institute of Bioengineering, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China; ²College of Bio-Safety Technology, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China)

Received:2007-07-17 Revised:2007-12-11 Online:2008-02-25 Published:2008-02-25
Contact: CHEN Ji-shuang

摘要/Abstract

摘要： 对浙江省杭州地区白菜（Brassica campestris L. ssp. chinensis var. commuis Tsen et Lee.）上获得的CMV分离物（CMV-CTL）进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示：CMV-CTL的RNA1（GenBank序列号：EF213023）全长为3357个核苷酸（nt），编码993个氨基酸（aa）的1a蛋白；RNA2 （GenBank序列号：EF213024）全长为3047 nt ，编码858 aa的2a蛋白和111 aa的2b蛋白；RNA3 （GenBank序列号：EF213025）全长为2217 nt，编码278 aa的MP蛋白和218 aa的CP蛋白。序列相似性分析表明，CMV-CTL与CMV亚组IB中株系IA相似性最高，RNA 1、RNA 2和RNA3与该株系的相似性分别为91.3%、91.3%和93.6%。CP基因和RNA 3 的5' NTR核酸序列系统发生树分析表明，CMV-CTL与中国大多数CMV分离物一样，属于CMV亚组IB。

关键词: 黄瓜花叶病毒, 白菜, 基因组序列, 系统进化树分析

Abstract: Isolate CMV-CTL was obtained from Brassica campestris L. ssp. chinensis var. commuis Tsen et Lee.，Hangzhou, Zhejiang Province. The full-length cDNA sequence of genomic RNAs of the isolate was determined by RT-PCR and sequencing. The results show that CMV-CTL RNA1 (GenBank accession No. EF213023) consists of 3357 nucleotides (nt), encoding 1a protein of 993 amino acids residues (aa). RNA2 (GenBank accession No. EF213024) consists of 3047 nt, encoding 2a protein of 858 aa and 2b protein of 111 aa. RNA3 (GenBank accession No. EF213025) contains 2217 nt, encoding 3a protein of 278 aa and CP of 218 aa. CMV-CTL shows the highest sequence identities with strain IA which belongs to CMV subgroup IB. The sequence identities of RNA1, RNA2 and RNA3 between CTL and IA strain are 91.3%, 91.3% and 93.6%, respectively. Phylogenetic analysis of CP and 5' NTR of RNA3 suggests that CMV-CTL belongs to CMV subgroup IB.

Key words: Cucumber mosaic virus, Brassica campestris L. ssp. chinensis var. commuis Tsen et Lee, genomic sequence, phylogenetic tree analysis

中图分类号:

S 634.3

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