苹果功能基因组数据库的构建与使用

园艺学报 ›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (11): 2245-2250.

苹果功能基因组数据库的构建与使用

张世忠, 付莹, 周波, 姜泽盛, 许瑞瑞, 束怀瑞

（1 山东农业大学园艺科学与工程学院，山东泰安 271018；2 山东农业大学生命科学学院，山东泰安 271018；3 潍坊学院生物与农业工程学院，山东潍坊 261061）

出版日期:2012-11-25 发布日期:2012-11-25

The Construction and Instruction Manual of Apple Functional Genomic Database

ZHANG Shi-Zhong, FU Ying, ZHOU Bo, JIANG Ze-Sheng, XU Rui-Rui, SHU Huai-Rui

（1College of Horticulture Science and Technology，Shandong Agricultural Unversity，Tai’an，Shandong 271018，China；2College of Life Science，Shandong Agricultural Unversity，Tai’an，Shandong 271018，China；3 College of Biological and Agricultural Engineering，Weifang University，Weifang，Shandong 261061，China）

Online:2012-11-25 Published:2012-11-25

摘要/Abstract

摘要： 苹果功能基因组数据库是在苹果全基因组分析及注解基础上，对苹果基因组进行广泛的基因家族分类及系统进化分析；数据库还包含广泛的基因信息，包括CDS及蛋白质序列、染色体定位、基因结构、GO分类、蛋白质结构域分析、Interpro分类、表达谱、microRNA及相关文献等；此外，数据库还提供用户交互平台，研究人员可提交基因信息及相关文献等参与苹果基因注释。数据库登录地址是：http：//www. applegene. org/或http：//gfdb. sdau. edu. cn/。

关键词: 苹果, 基因功能, 基因家族, 数据库

Abstract: Through analyzing and mining the genome-wide sequence of the apple，the Apple Gene Function and Gene Family DataBase（AppleGFDB）provide the classification and phylogenetic analysis of 159 gene families in apple. The database includes a series of information about the genes，including nucleotide or protein sequence，chromosomal location，gene structure，gene ontology（GO），protein conserved domain，interpro，the expression profile，microRNA and related publication. Furthermore，Apple GFDB specially develops a user-interactive platform which provided the researchers a chance to modify annotation of apple genes and submit publication. AppleGFDB was available at http：//www. applegene. org/ or http：//gfdb. sdau. edu. cn/.

Key words: apple, gene function, gene family, database

中图分类号:

S 661.1

张世忠, 付莹, 周波, 姜泽盛, 许瑞瑞, 束怀瑞. 苹果功能基因组数据库的构建与使用[J]. 园艺学报, 2012, 39(11): 2245-2250.

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