苹果抗炭疽菌叶枯病基因SNP和InDel标记的HRM筛选

doi:10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0519

园艺学报 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (2): 215-222.doi: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0519

苹果抗炭疽菌叶枯病基因SNP和InDel标记的HRM筛选

刘源霞¹，兰进好²，柏素花³，孙晓红³，刘春晓¹，张玉刚¹，戴洪义^1,*

¹青岛农业大学园艺学院，青岛市园艺植物遗传改良与育种重点实验室，山东青岛 266109；²青岛农业大学农学与植物保护学院，山东青岛 266109；³青岛农业大学生命科学学院，山东青岛 266109

出版日期:2017-02-25 发布日期:2017-02-25
基金资助:
国家自然科学基金项目（31372032）；国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-28-01-07）；山东省良种产业化工程项目（620902）；“泰山学者”建设工程和青岛市民生科技计划项目（15-9-2-99-nsh，14-2-3-38-nsh）；‘十二五’国家科技支撑计划项目（2013BAD02B01）；山东省优秀中青年科学家科研奖励基金项目（BS2014SW027）

Screening of SNP and InDel Markers to Glomerella Leaf Spot Resistance Gene Locus in Apple Using HRM Technology

LIU Yuanxia¹，LAN Jinhao²，BAI Suhua³，SUN Xiaohong³，LIU Chunxiao¹，ZHANG Yugang¹，and DAI Hongyi^1,^*

¹Qingdao Key Laboratory of Genetic Improvement and Breeding in Horticultural Plants，College of Horticulture，Qingdao Agricultural University，Qingdao，Shandong 266109，China；²College of Agronomy and Crop Protection，Qingdao Agricultural University，Qingdao，Shandong 266109，China；³College of Life Sciences，Qingdao Agricultural University，Qingdao，Shandong 266109，China

Online:2017-02-25 Published:2017-02-25

摘要/Abstract

摘要：

以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F₁杂交分离群体实生树为试材，挑选抗炭疽菌叶枯病基因R_gls位点区域内的，第15条染色体上，位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内，由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记，通过高分辨率熔解曲线（High Resolution Melting，HRM）技术筛选出与基因R_gls位点紧密连锁的2个SNP及4个InDel标记。通过对重组个体的基因型及表型分析，发现标记InDel4227和InDel4254表现出与R_gls基因位点共分离，将基因R_gls精细定位于标记InDel4199 和SNP4299之间100 kb的物理距离内。对该基因位点两侧4.1 ~ 4.3 Mb距离内的基因进行统计分析，表明在该区段内存在40个有功能注释的基因，涉及到细胞组成、分子功能和生物过程方面共19个GO分类。

关键词: 苹果, 高分辨率熔解曲线, 炭疽菌叶枯病, SNP标记, InDel标记, 精细定位

Abstract:

In present study，10 SNP and 10 InDel markers associated with Glomerella leaf spot（GLS） resistance in the region ofR_gls，on apple linkage group（LG）15，in a region of 500 kb between S0304673 and S0405127 markers，obtained by using the whole genome sequencing technology were tested in the population of 207 F₁individuals derived from a cross between‘Golden Delicious’and‘Fuji’apples by High Resolution Melting（HRM）. Two SNP and 4 InDel markers tightly linked to the R_gls locus were screened. Through analyzing the genotypes and phenotypes of the recombinant individuals，the R_glslocus was fine mapped within a distance of 100 kb between InDel4199 and SNP4299 markers on the‘Golden Delicious’genome sequence and was co-segregated with InDel4227 and InDel4254 markers. Forty genes were predicted within the region of 4.1–4.3 Mb flanked the R_glslocus，including cellular component，molecular function and biological process in a total of 19 GO classifications.

Key words: apple, HRM, Glomerella leaf spot, SNP marker, InDel marker, fine mapping

中图分类号:

S 661.1

刘源霞1，兰进好2，柏素花3，孙晓红3，刘春晓1，张玉刚1，戴洪义1,*. 苹果抗炭疽菌叶枯病基因SNP和InDel标记的HRM筛选[J]. 园艺学报, 2017, 44(2): 215-222.

LIU Yuanxia1，LAN Jinhao2，BAI Suhua3，SUN Xiaohong3，LIU Chunxiao1，ZHANG Yugang1，and DAI Hongyi1,*. Screening of SNP and InDel Markers to Glomerella Leaf Spot Resistance Gene Locus in Apple Using HRM Technology[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2017, 44(2): 215-222.

[1]	于婷婷, 李欢, 宁源生, 宋建飞, 彭璐琳, 贾竣淇, 张玮玮, 杨洪强. 苹果GRAS全基因组鉴定及其对生长素的响应分析[J]. 园艺学报, 2023, 50(2): 397-409.
[2]	汤雨晴, 杨惠栋, 闫承璞, 王斯妤, 王雨亭, 胡钟东, 朱方红. 基于重测序的‘金兰柚’基因组InDel标记的开发及应用[J]. 园艺学报, 2023, 50(1): 15-26.
[3]	韩晓蕾, 张彩霞, 刘锴, 杨安, 严家帝, 李武兴, 康立群, 丛佩华. 中熟苹果新品种‘中苹优蕾’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S2): 1-2.
[4]	韩晓蕾, 张彩霞, 刘锴, 严家帝, 李武兴, 康立群, 丛佩华. 中熟苹果新品种‘苹优2号’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S1): 1-2.
[5]	王强, 丛佩华, 刘肖烽. 晚熟苹果新品种‘华优甜娃’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S1): 3-4.
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[7]	杨玲, 丛佩华, 王强, 李武兴, 康立群. 中熟鲜食苹果新品种‘华丰’[J]. 园艺学报, 2022, 49(S1): 7-8.
[8]	丁志杰, 包金波, 柔鲜古丽, 朱甜甜, 李雪丽, 苗浩宇, 田新民. 新疆野苹果与‘元帅’‘金冠’的叶绿体基因组比对研究[J]. 园艺学报, 2022, 49(9): 1977-1990.
[9]	高彦龙, 吴玉霞, 张仲兴, 王双成, 张瑞, 张德, 王延秀. 苹果ELO家族基因鉴定及其在低温胁迫下的表达分析[J]. 园艺学报, 2022, 49(8): 1621-1636.
[10]	郑晓东, 袭祥利, 李玉琪, 孙志娟, 马长青, 韩明三, 李少旋, 田义轲, 王彩虹. 油菜素内酯对盐碱胁迫下平邑甜茶幼苗生长的影响及调控机理研究[J]. 园艺学报, 2022, 49(7): 1401-1414.
[11]	夏炎, 黄松, 武雪莉, 刘一琪, 王苗苗, 宋春晖, 白团辉, 宋尚伟, 庞宏光, 焦健, 郑先波. 基于宏病毒组测序技术的苹果病毒病鉴定与分析[J]. 园艺学报, 2022, 49(7): 1415-1428.
[12]	刘照霞, 张鑫, 王璐, 马玉婷, 陈倩, 朱占玲, 葛顺峰, 姜远茂. 肥料穴施位点对苹果细根生长、¹⁵N吸收利用及产量品质的影响[J]. 园艺学报, 2022, 49(7): 1545-1556.
[13]	马维峰, 李艳梅, 马宗桓, 陈佰鸿, 毛娟. 苹果POD家族基因的鉴定与MdPOD15的功能分析[J]. 园艺学报, 2022, 49(6): 1181-1199.
[14]	冯琛, 黄学旺, 李兴亮, 周佳, 李天红. 不同苹果矮化砧穗组合的抗旱性比较研究[J]. 园艺学报, 2022, 49(5): 945-957.
[15]	张晓云, 唐玉薇, 王凯, 张东, 杨伟伟. 苹果冠层枝梢类型对光能截获效率和光合生产力影响的模拟分析[J]. 园艺学报, 2022, 49(4): 709-722.

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